P3實驗室按功能要求劃分，分為潔凈區(qū)和非潔凈區(qū)，潔凈區(qū)包括潔凈準備區(qū)，一更，淋浴室，二更，氣閘室，PⅢ實驗室，消毒室；非潔凈室有機房和走廊。對P3實驗室的布局，應考慮以下原則：
一、平面布置
對有生物危險性的P3實驗室，要做成負壓，以防止微生物污染的外逸。因此它不僅要求除菌、更要進行隔離處理。隔離方式一般采用一次隔離和二次隔離。一次隔離就是病原體和實驗者之間的隔離，是以防止實驗人員被感染為目的的。主要用生物安全柜和罩式防護衣方式。
為了防止病原體從實驗室漏到外部環(huán)境中，而把實驗室和外界隔斷，即是二次隔離。二次隔離就是實驗室和外界之間的隔離，是以防止實驗室外的人被感染為目的。
污染傳播的主要途徑是氣溶膠的擴散和對病原體的直接接觸。特別是前者，僅僅靠改善操作方式是不能解決的，一般采取在隔離區(qū)和維持區(qū)之間建立氣壓差和對排風進行滅菌處理兩種方法。
隔離區(qū)(P3實驗室)應維持壓差(負壓)一般為-20~-50Pa，使維持區(qū)到隔離區(qū)造成定向氣流。在氣壓不同區(qū)域之間設有氣閘室，它的兩邊設有聯(lián)鎖的門，一邊開時，另一邊關(guān)閉，以維持壓差。
整個P3實驗室區(qū)域的室內(nèi)壓差等級從低到高依次是：?P2 生物安全柜實驗室<氣閘室<更衣室<潔凈準備室<走廊
二、人流、物流合理，做到不交叉污染，應有實驗室門禁管理制度，僅限于預先被告知危險性、并經(jīng)過特殊培訓的工作人員及支援人員能夠進出。并貼有警告標志及生物性危險標志。
（1）人流方向：
入：走廊——更鞋、一次更衣——二次更衣——氣閘室——P3 實驗室
出：P3實驗室——氣閘室——淋浴——更衣、更鞋——走廊；
（2）物流方向：
潔凈物品或不能進行滅菌物品從雙面互鎖結(jié)構(gòu)傳遞窗入P3實驗室；需滅菌物品從雙門傳遞滅菌器，或密封后經(jīng)傳遞窗入，再經(jīng)高壓滅菌器滅菌后進入P3實驗室；在傳遞窗下方設消毒渡槽，對某些不能高壓滅菌物品可通過盛有消毒液的藥液傳遞窗傳遞，使容器外側(cè)受到滅菌處理。污染物品、實驗后器械應置于耐用、防漏密閉的容器中，經(jīng)高壓滅菌后才可廢棄。實驗人員淋浴后一次性衣物，應裝入密閉膠袋后，經(jīng)傳遞窗到滅菌器中處理后廢棄。
三、消毒、滅菌程序
為防止交叉污染，進入P3實驗室的人員，必須進行更衣、手消毒后才可進入，實驗后必須經(jīng)過淋浴后方可退出P3實驗室，以防將病毒帶出實驗室。
P3實驗室內(nèi)應配備高壓滅菌器，雙門傳遞型的或單蓋開啟型的。若配備的是蒸汽熏蒸消毒型的，建議設消毒室，該室是直流全排式，消毒時，關(guān)閉排風系統(tǒng)，消毒結(jié)束后，開啟排風系統(tǒng)，排除室內(nèi)蒸汽及消毒劑氣味。
四、污染區(qū)廢水處理
為防止活毒隨廢水逸出P3實驗室，因此活毒廢水應單獨排放，并經(jīng)滅菌處理后方可同其他廢水合流排至城市管網(wǎng)。滅菌方式采用次氯酸鈉滅菌處理或高壓蒸汽滅菌處理。滅菌處理流程如下：次氯酸鈉藥液或高壓蒸汽
污染區(qū)廢水→集水滅菌罐→污水管道
五、進入污染區(qū)的管道應裝止回閥
進入污染區(qū)的管道，如蒸汽管、壓縮空氣管、給水管等，當系統(tǒng)放空后，形成空氣通路，此時活毒易通過管道逸出污染區(qū)，因此應在進入污染區(qū)的管道上安裝止回閥。止回閥材質(zhì)應同管材一致。
六、污染區(qū)排風處理
為防止活毒通過排風管逸出室外，因此必須在排風管上裝高效或亞高效過濾器。細菌或病毒一般吸附在塵埃上，其等價粒經(jīng)一般為1~5μm，因此用高效過濾器可以把細菌或病毒擋在過濾器上。另外，排風管上裝過濾器能防止室外塵埃倒灌入室內(nèi)，從而有效維持室內(nèi)潔凈度。
對不同級別實驗室安裝高效過濾器的數(shù)量和使用回風美國規(guī)范有一定要求。例如高度安全實驗室(BSL4) 必須安裝2級串聯(lián)高效過濾器，其回風不能利用，對>0.5μm粒子凈化率>99.99%。安全實驗室(BSL3) 安裝一級高效過濾器，凈化率>99.97%即可。
P3實驗室的排風機風量、風壓應進行計算后確定。
另排風系統(tǒng)中高效過濾器應設置在負壓段，這樣一方面使風機不易被有害氣溶膠污染，給維修人員帶來危害；另一方面，可避免未通過高效過濾器的有害生物氣溶膠處于正壓狀態(tài)后易擴散出來，污染環(huán)境。
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