潔凈室機組安裝就位后進行水系統(tǒng)管道安裝施工，或將已布置好的水系統(tǒng)管道與機組蒸發(fā)器和冷凝器的水管口連接；進出水管路應按機組上標識要求連接， 一般規(guī)定為：冷凝器水管下進上出，蒸發(fā)器冷媒接管側為冷凍水進水口側；水系統(tǒng)必須選配流量和揚程合適的水泵，以確保機組正常供水，水泵與機組和水系統(tǒng)管路之間除采用防振軟連接頭連接外，還應自設支架以免機組受力，安裝時的焊接工作應避免對機組造成損壞；機組進水管路前必須安裝水過濾器，系統(tǒng)水管路沖洗和保溫要在與機組連接前進行，避免臟物損壞機組；水室設計承受水壓1.0MPa，為防止損壞蒸發(fā)器和冷凝器，不可超壓使用。
在蒸發(fā)器和冷凝器的出水管上安裝流量開關，流量開關應垂直安裝在出水管上，流量開關兩邊至少應有5倍管道直徑的直管段；不要將其安裝在接近彎管、孔板及閥[ ]的附件；為防止流量開關的顫抖，應將水系統(tǒng)中的所有的氣體排放出去；開關上箭頭指向必須與水管的水流方向一致。冷卻水管路系統(tǒng)必須先安裝防振軟連接頭、溫度計、壓力表、排水閥、截止閥、水過濾器、止逆閥、靶式流量控制器等，再與冷卻塔進出水管路相連；供水管路要盡可能短，管路的規(guī)格要根據(jù)水泵的有效揚程、管路流量 和流速而定，而不依照接頭規(guī)格。冷凝器的水口方向可以根據(jù)用戶要求更改，需要確認正確的隔板位置，使用新的橡膠密封圈；冷卻水的溫度、流量測量裝置需重新布置；拆裝水室端蓋時，緊固螺栓要按一定順序進行。
膨脹水箱應安裝在高于空調系統(tǒng)最高處1~1.5m處，水箱容量約為整個系統(tǒng)水量的1/10；水管應盡量避免垂直方向的變化，在管路的高處與膨脹水箱之間安裝手動或自動排氣閥；進水和出水管路的直管段上安裝溫度計和壓力表，避免將其安裝在太接近彎管的地方，各低點應配有防水接頭，以便放清系統(tǒng)中的雨水，在操作機組之前，把截止閥接到放水管路上，裝在進水和出水接頭附近；蒸發(fā)器進出水管之間應有旁通管道，便于管道清洗和檢修，使用柔性接頭可以減少振動的傳遞；冷凍水管路和膨脹水箱應進行保溫處理，閥件接頭處應留出維護操作部位；管道做過氣密性試驗后，再包保溫層，以避免熱傳遞和結露，保溫層上應罩有防潮密封。
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